区境在商周时为“淮夷地”。春秋时始属吴，后属越，战国时属楚。西汉元狩四年（前119年），始设盐渎县（一说元狩四年前置）。东晋安帝义熙七年（411年），改盐渎县为盐城县。北齐于此设射阳郡，陈时改为盐城郡。隋末，韦彻起义据此置射州。民国22年（1933年），江苏省于盐城设行政督察区，后改为盐城区。1936年，又改为第六督察区，盐城县先后隶属之。1940年10月，盐城县成立抗日民主政府。1946年4月，改盐城县为叶挺县。1949年4月复名为盐城县。自1940年10月后，盐城县先后隶属盐阜区、盐阜分区、苏皖边区第五行政区、苏北盐城行政区、苏北盐城专区、江苏省盐城专区、江苏省盐城地区。1983年初，实行市管县（区）体制，盐城为省辖市，盐城县撤销，盐城镇成立盐城市城区，其余乡镇为盐城市郊区。1996年9月，国务院批准撤销盐城市郊区，设立盐都县，隶属盐城市。2004年初，国务院批准撤销盐都县，设立盐城市盐都区，仍隶属盐城市。